Байкаловск был основан как промысловая точка в 1935 году, там стояли три охотничьих домика, несколько чумов ненцев, занимающихся рыбным промыслом.
В административно-хозяйственном подчинении Байкаловск относился к Толстоносовскому сельсовету, центром которого было селение Толстый Нос. Жители Байкаловска входили в колхоз «Новая жизнь», главной отраслью которого были охотничий промысел и добыча рыбы. Поселок Мунгуй был в то время центром колхоза «Новая жизнь». Здесь же находились начальная школа, фельдшерско-акушерский пункт, дизельная.
В 1965 году поселок стал центральной усадьбой колхоза «Новая жизнь», там работали магазин, баня, школа, интернат, электростанция, контора правления колхоза, детский сад, клуб и библиотека. В семидесятые годы здесь находились заготконтора, скотный двор, где содержали коров и лошадей, почта и фельдшерско-акушерский пункт, школа и детский сад, клуб и библиотека, электростанция.
В восьмидесятые и девяностые годы в Байкаловске в условиях рыночной экономики изменилась социально-экономическая инфраструктура: реформированы сельскохозяйственные предприятия, учреждения образования и торговли. Рыбаки и охотники пос. Байкаловск и пос. Мунгуй работали в совхозе «Усть-Енисейский», который в начале 2000-х годов был ликвидирован.